数据集概述
本数据集为远洋海鸟近期辐射演化研究的补充信息，包含序列捕获（UCEs）与双酶切RAD测序（PE-ddRAD）整合分析的相关文件，涉及基因树、系统发育树、样本信息、参数控制文件等，支持解析快速物种形成事件中的系统发育冲突。
文件详解
- 文档文件：
- Supplementary_Information.pdf：PDF格式，研究补充说明文档
- 表格文件：
- Supplementary_Table_1_Table_samples_info.xlsx：Excel格式，样本信息表
- Supplementary_Table_3_Suppl_detailed_tree_info.xlsx：Excel格式，系统发育树详细信息表
- 压缩文件（.tar.gz）：
- UCE_loci_IUPAC.tar.gz：UCE基因座数据压缩包
- gene_trees_PE-ddRAD_bootstraps.tar.gz：PE-ddRAD基因树（含自举值）压缩包
- gene_trees_UCE_bipartitions.tar.gz：UCE基因树（含二分信息）压缩包
- phylonetworks.tar.gz：系统发育网络分析数据压缩包
- gene_trees_PE-ddRAD_bipartitions.tar.gz：PE-ddRAD基因树（含二分信息）压缩包
- PE-ddRAD_loci.tar.gz：PE-ddRAD基因座数据压缩包
- 系统发育树文件（.tre）：
- ExaBayes_ConsensusExtendedMajorityRuleNewick.concat_ddRAD-UCE_75_2part.tre：ExaBayes整合UCE与ddRAD的共识树
- MCMCTree_concat_UCE_ddRAD_95.tre：MCMCTree整合UCE与ddRAD的时间树
- 其他数据文件：
- TENT_95.mcmctree.phy：MCMCTree输入的多序列比对文件（.phy格式）
- MCMCTree_concat_UCE_ddRAD_95_approx.ctl：MCMCTree参数控制文件（.ctl格式）
适用场景
- 系统发育生物学研究：解析快速辐射演化类群的物种关系与系统发育冲突
- 基因组学分析：比较不同演化速率标记（UCEs与RAD测序）的系统发育适用性
- 生物信息学方法优化：探索RAD测序数据在系统发育分析中的优化策略
- 保护生物学研究：为濒危远洋海鸟（如剪水鹱类）的演化历史与分类提供数据支持
