数据集 - 海数据

ABCG36_Substrate_Specificity_拟南芥转运体MD_QM计算数据

2026年1月13日

数据集概述本数据集包含拟南芥ABCG36/PDR8/PEN3转运体的坐标文件，用于分子动力学（MD）和量子力学（QM）计算，旨在研究ABCG转运体底物特异性的决定因素，重点关注全长拟南芥ABCG36转运体的胞外门关键残基对底物质量控制的作用。文件详解文件名称：README.md 文件格式：MD...

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Propeptides_Supplemental_蛋白生产研究前肽加工与生产促进补充数据

2026年1月13日

数据集概述本数据集为论文《Propeptides: From Processing to Promotion of Protein Production》的补充数据，包含三十个文件，涵盖基因序列、蛋白质结构模型、实验视频及引物信息，主要涉及前肽（Propeptides）对蛋白生产的影响研究，支持蛋白质工程领域相关分析。文件详解...

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RaptorX_Source_Huntingtin蛋白结构预测项目数据_20160329

2026年1月13日

数据集概述本数据集为Huntingtin蛋白结构功能开放实验室笔记本项目的RaptorX结构预测数据，包含4个文件，主要涉及Huntingtin蛋白的结构预测结果及相关文档，支持对该蛋白结构的研究与分析。文件详解结构预测文件（.pdb格式）文件名称：1-1200_besthit.pdb、2301-3144.pdb、1-1100.pdb...

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CHARMM_Drude_OpenMM_7_5_0_PURE_POPE膜分子动力学模拟数据

2026年1月12日

数据集概述本数据集为采用CHARMM-Drude力场、通过OpenMM 7.5.0模拟引擎生成的纯POPE膜分子动力学模拟数据。包含300纳秒模拟数据（分3个子轨迹，每段100纳秒），共3000帧，采样频率100皮秒，前50纳秒为平衡期已剔除。数据涉及144个POPC脂质分子及5040个SWM4-NPD水分子，含修正时间戳的轨迹文件。文件详解...

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OCE_Supplementary_Material_真菌孤儿候选效应因子结构与进化研究数据

2026年1月12日

数据集概述本数据集为论文“Surface frustration re-patterning underlies the structural landscape and evolvability of fungal orphan candidate...

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GROMACS_CHARMM36m_Aβ肽与Cu_II_复合物水_二氯乙烷界面分子动力学模拟数据

2026年1月9日

数据集概述本数据集包含三种系统的分子动力学模拟输入、参数及轨迹文件：Aβ₁₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆–Cu(II)复合物在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）。模拟基于GROMACS 2020.6与CHARMM36m力场，含TB⁻、BA+等有机离子参数，pH...

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Integrative_Structure_PTBP1_EMCV_IRES复合物溶液结构测定数据

2026年1月8日

数据集概述本数据集包含RNA结合蛋白PTBP1与脑心肌炎病毒（EMCV）RNA内部核糖体进入位点（IRES）复合物的溶液整合结构模型及支撑数据，涵盖多组约束条件下的集合结构、DEER-EPR原始数据、SANS/SAXS曲线、约束文件及图表源数据，共27个文件，用于生物分子复合物结构研究。文件详解集合结构文件...

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ESRF_4XYD_Roseobacter_denitrificans硝酸还原酶晶体衍射图像数据

2026年1月8日

数据集概述本数据集包含玫瑰杆菌（Roseobacter denitrificans）硝酸还原酶（NOR）晶体的X射线衍射图像，是PDB条目4XYD结构解析的原始数据来源。数据由ESRF收集，支持蛋白质三维结构研究，仅包含一个压缩文件。文件详解文件名称：RdNOR_diffraction_images_4xyd.zip 文件格式：ZIP...

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Melittin_Recombinant_Based同位素标记蜂毒肽重组表达与化学酰胺化研究数据_SI

2026年1月2日

数据集概述本数据集为蜂毒肽（Melittin）相关研究的补充数据，包含7个补充表格和25个PDB结构文件，记录了阳离子膜裂解肽列表、蜂毒肽骨架化学位移、15N-1H耦合参数、AlphaFold模型与RDC数据的拟合分析结果，以及实验涉及的蛋白质原子坐标，支撑同位素标记蜂毒肽的重组表达与化学酰胺化研究。文件详解表格文件（Excel格式）...

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Molecular_Dynamic_Simulation_Based_CL5D加速SIRT6产物解离研究数据

2025年12月29日

数据集概述本数据集包含CL5D加速SIRT6产物解离的分子动力学模拟相关数据，涵盖SIRT6及SIRT6-CL5D系统的初始结构、平衡结构快照、模拟配置文件及图表源数据，支持论文图表生成与模拟过程复现，总计包含14个文件。文件详解源数据文件文件名称：Source Data.xlsx 文件格式：XLSX 字段映射介绍：用于生成论文正文图表的源数据...

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Pseudomonas_syringae_Supplementary_Data_PSSC基因组与毒力研究数据

2025年12月29日

数据集概述本数据集为Pseudomonas syringae竞争与毒力研究的补充数据，包含2161个PSSC基因组的元数据、PCR引物评估结果、系统发育树、毒力因子HMM模型、基因检测结果、分类器及尾纤维结构预测等35个文件，支持相关章节的基因组分析、引物验证及毒力机制研究。文件详解基因组与元数据文件文件名称：supplementary...

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Density_based_Many_body_Expansion_多肽与蛋白质密度基多体展开数据集_配套研究

2025年12月27日

数据集概述本数据集为论文《The density-based many-body expansion for polypeptides and proteins》的配套数据，包含用于测试计算的结构文件、绘图脚本及输入脚本，支持复现论文中的计算与图表生成。文件详解压缩包文件文件名称：dataset-zenodo-v2.zip 文件格式：ZIP...

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nmpro_x1311_PDB_5RFG_SARS_CoV_2_主蛋白酶与_PCM_0102372_复合物的原始衍射数据

2025年12月27日

数据集概述本数据集包含SARS-CoV-2主蛋白酶与小分子PCM-0102372复合物的原始衍射数据，对应ID为mpro-x1311及PDB编号5RFG。数据由Diamond Light Source的i04-1光束线在XChem晶体学片段筛选实验中采集，原始数据可供重新分析使用。文件详解文件名称：mpro-x1311.zip 文件格式：ZIP...

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大鼠Arc蛋白与RNA相互作用及核酸伴侣功能研究数据集

2025年12月13日

数据集概述本数据集包含支持大鼠Arc蛋白与RNA相互作用及核酸伴侣（NAC）活性研究的原始和处理数据，通过微量热泳动（MST）、NAC活性测定、RNA三维结构建模及蛋白-RNA复合物对接等方法获取，为相关分子机制研究提供数据支持。文件详解文件名称:...

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O_Buß与S_Jager补充数据集_β_酮酯酶水解HTS测定的统计评估

2025年12月25日

数据集概述本数据集是O.Buß与S.Jager关于β-酮酯酶水解高通量筛选（HTS）测定统计评估研究的补充数据，包含计算用PDB结构文件、统计分析R脚本、活性测定校准数据及实验用酶的SDS-PAGE凝胶图片，为相关研究提供原始数据支持。文件详解该数据集包含5个文件，具体说明如下： - 统计分析R脚本压缩包: - 文件名称:...

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约束测试文件数据集

2025年12月9日

数据集概述本数据集包含约束回归测试相关的文件，主要由行业基准系统和T4溶菌酶轨迹两部分组成，为约束测试的验证与分析提供数据支持。文件详解该数据集包含两个压缩文件，具体说明如下： - industry_benchmark_systems.zip:...

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Nudix超家族功能进化数据集

2025年12月23日

数据集概述该数据集围绕Nudix超家族蛋白功能进化展开，整合了205个Nudix蛋白的实验与结构数据，修正并补充了基因本体注释，构建了序列比对与系统发育树，分析了水解酶基序下游环区的结构功能关系，揭示功能辐射的结构基础及系统发育规律。文件详解该数据集包含多种格式的文件，具体说明如下： - 代码文件: - 3DCOMB_alignment.py:...

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Dan_Richmond_PhDThesis_Based_分子结构研究论文数据完整集合

2025年12月23日

数据集概述该数据集为Dan Richmond博士论文的数据存储库，包含5,6-Tryp的PDB文件及分类图的HTML文件，共四个文件，支持论文相关研究分析。文件详解 56Tryp.pdb：PDB格式文件，可能为5,6-Tryp相关的分子结构数据文件 FullClusterKrona.html：HTML格式文件，可能为全聚类分类图的可视化文件...