数据集概述
本数据集配套“Genes Underlying Adaptive Physiological Shifts Among Hibernating Mammals”手稿，包含基因组、系统发育及功能富集数据，用于研究哺乳动物冬眠相关性状（尤其是肉碱代谢）的进化机制，覆盖物种树、基因树、功能富集等多类型资源。
文件详解
- 系统发育资源
- 文件名称：RERConverge_120MasterTree.tre
- 文件格式：Newick（.tre）
- 字段映射介绍：120种哺乳动物的物种树，用于RERconverge检测基因特异性进化速率变化
- 文件名称：206Species_MasterTree.tre
- 文件格式：Newick（.tre）
- 字段映射介绍：含206个物种的完整物种树（覆盖404个肉碱相关基因），用于选择分析前的基因树修剪
- 文件名称：19610_mammalGeneTrees.txt
- 文件格式：纯文本（多行Newick）
- 字段映射介绍：120个哺乳动物基因组的19,610个基于蛋白质的基因树
- 文件名称：19610_mammalGeneTrees.trees
- 文件格式：序列化（.trees，RERconverge兼容）
- 字段映射介绍：19,610个基因树的序列化版本，适用于RERconverge流程
- 文件名称：TimeTree_SpeciesList_Metadata.txt
- 文件格式：纯文本
- 字段映射介绍：物种列表及分歧时间估计的协调说明，含物种替换和手动放置记录
- 功能富集数据
- 文件名称：RawEnrichmentData.xlsx
- 文件格式：Excel（.xlsx）
- 字段映射介绍：包含GO、KEGG、UniProt功能富集分析数据，含5个工作表：Summary_Unique_Enrichment（选择组特有的富集GO术语）、ALL_371_GenesVS_ALL_Human（371个肉碱相关基因与人类全基因组的富集对比）、PosSelGenesVS_ALL_Human（正选择基因的富集结果）、RelaxedSelGenesVS_ALL_Human（放松选择基因的富集结果）、33_RERGenes_VS_19610_background（33个RERconverge显著基因与19,610个背景基因的富集对比）
数据来源
论文“Genes Underlying Adaptive Physiological Shifts Among Hibernating Mammals”
适用场景
- 冬眠基因进化分析: 研究哺乳动物冬眠相关性状（如肉碱代谢）的趋同进化机制
- 系统发育树构建: 利用物种树和基因树资源开展哺乳动物系统发育关系研究
- 功能富集分析: 通过GO、KEGG等数据挖掘冬眠相关基因的生物学功能
- 进化速率变化检测: 基于RERconverge流程分析基因特异性进化速率偏移
- 肉碱代谢通路研究: 探索肉碱相关基因在冬眠适应性生理转变中的作用
