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GROMACS_CHARMM36m_Aβ肽与Cu_II_复合物水_二氯乙烷界面分子动力学模拟数据
数据集概述 本数据集包含三种系统的分子动力学模拟输入、参数及轨迹文件：Aβ₁₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）、Aβ₄₋₁₆–Cu(II)复合物在水/二氯乙烷界面（含TB⁻）。模拟基于GROMACS 2020.6与CHARMM36m力场，含TB⁻、BA+等有机离子参数，pH...
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Density_based_Many_body_Expansion_多肽与蛋白质密度基多体展开数据集_配套研究
数据集概述 本数据集为论文《The density-based many-body expansion for polypeptides and proteins》的配套数据，包含用于测试计算的结构文件、绘图脚本及输入脚本，支持复现论文中的计算与图表生成。 文件详解 压缩包文件 文件名称：dataset-zenodo-v2.zip 文件格式：ZIP...
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Dan_Richmond_PhDThesis_Based_分子结构研究论文数据完整集合
数据集概述 该数据集为Dan Richmond博士论文的数据存储库，包含5,6-Tryp的PDB文件及分类图的HTML文件，共四个文件，支持论文相关研究分析。 文件详解 56Tryp.pdb：PDB格式文件，可能为5,6-Tryp相关的分子结构数据文件 FullClusterKrona.html：HTML格式文件，可能为全聚类分类图的可视化文件...
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组蛋白变体H2A_Z转录调控的结构机制支持性数据集
数据集概述 本数据集是关于组蛋白变体H2A.Z转录调控结构机制研究的支持性数据，包含分子坐标、冷冻电镜图谱及验证报告等文件，为相关研究论文评审提供数据支撑。 文件详解 该数据集包含6个文件，具体说明如下： - 分子坐标文件: - 7M1X.pdb: PDB格式文件，存储H2A.Z核小体的分子坐标数据。 - 冷冻电镜图谱文件（.mrc格式）: -...
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基于肽模拟物的FDA批准化合物抑制IRE1活性模拟数据集
数据集概述 该数据集包含甲氨蝶呤、头孢哌酮、亚叶酸和叶酸与IRE1相互作用的对接及分子动力学（MD）模拟数据，涉及IRE1激酶位点（Lys599）和核糖核酸酶位点（Lys907）的2D相互作用图谱，为研究化合物抑制IRE1活性提供数据支持。 文件详解 文件名称: README.txt，格式:...
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FireProtDB与PDB结构蛋白质稳定性数据集
数据集概述 本数据集整合FireProtDB的序列突变热力学稳定性数据（ddG）与RCSB PDB的蛋白质结构文件，用于训练预测蛋白质点突变稳定性变化的模型。包含3438个突变数据及对应结构，支持蛋白质工程与结构生物学研究。 文件详解 压缩包文件： fireprot_upload.zip：压缩包格式，包含数据集所有内容 目录与子文件：...
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蛋白质空腔与水动力学识别表征工具教程文件_CICLOPv2
数据集概述 本数据集是CICLOP v2.0工具的教程文件，该工具用于识别和表征蛋白质空腔及其中的水。数据集包含工具代码、示例文件、环境配置文件和教程文档，为使用该Python工具分析分子动力学轨迹或PDB文件提供支持。 文件详解 工具代码文件: CICLOPv2.0_waterdynamics.py: Python格式，CICLOP...
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硼酸抑制剂与NDM_1金属β_内酰胺酶平衡几何构型数据集
数据集概述 该数据集包含硼酸抑制剂的二维结构图像，以及NDM-1金属β-内酰胺酶与抑制剂复合物的平衡几何构型计算数据，为研究酶与抑制剂相互作用的分子结构提供支持。 文件详解 文件名称：cpd-table.png 文件格式：PNG 内容说明：展示所研究硼酸抑制剂的二维结构图像 文件名称：NDM-1_cpd_complexes.rar...
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USP5锌指泛素结合域与化合物UBTR012574a共晶结构数据集
数据集概述 该数据集围绕USP5锌指泛素结合域（ZnF-UBD）与化合物UBTR012574a的共晶结构研究，包含晶体生长、结构解析相关的实验数据、结构文件及分析结果，为探究配体与结合口袋的相互作用及预测结合构象与实验构象的一致性提供数据支持。 文件详解 蛋白质结构文件：...
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模式生物VPS13蛋白AlphaFold预测结构数据集
数据集概述 本数据集包含多种模式生物VPS13蛋白的AlphaFold预测结构。因蛋白较大，仅对部分序列进行预测，并通过PyMOL对齐结构，同时提供域组织摘要PDF文件，为研究VPS13蛋白结构提供数据支持。 文件详解 蛋白结构压缩文件（共22个，格式为.zip）：...
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振动激子模型与量子化学局域模计算基准测试数据集
数据集概述 本数据集是学术论文的配套数据，包含振动激子模型与量子化学局域模计算的基准测试数据，涉及六个多肽测试案例在真空或水环境下的频率计算结果，覆盖不同计算方法和参数设置，为相关计算复现与分析提供支持。 文件详解 该数据集包含多个目录和文件，具体说明如下： - 目录 '01_AIM'： -...
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USP5锌指泛素结合结构域与L_半胱氨酸_195位残基_谷胱甘肽二硫化物结构解析数据集
数据集概述 本数据集包含USP5锌指泛素结合结构域与L-半胱氨酸（195位残基）-谷胱甘肽二硫化物的结构解析数据，分辨率达1.6埃，记录了实验过程与结果。 文件详解...
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野生型与突变型人CYP2J2与三种多不饱和脂肪酸的同源建模_分子对接及分子动力学模拟数据集
数据集概述 本数据集为研究论文的配套数据，包含野生型与突变型人CYP2J2蛋白与三种多不饱和脂肪酸相互作用的同源建模、分子对接及分子动力学模拟相关文件，为理解CYP2J2蛋白与脂肪酸的结合机制提供数据支持。 文件详解 Abelak_etal_Methods.pdf：PDF格式文档，描述本数据集及补充数据的生成方法...
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Adel_BIOM560_Based_生物分子研究材料完整数据
数据集概述 该数据集为Adel BIOM560项目的相关材料，包含蛋白质结构文件、预测分析图表、统计数据集及预测结果表格等，覆盖结构生物学与生物信息学分析内容，支持相关研究或项目开展。 文件详解...
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SARS_CoV_2_Mpro下一代抑制剂分子动力学模拟数据集
数据集概述 该数据集为期刊文章配套的分子动力学模拟数据，围绕SARS-CoV-2 Mpro下一代抑制剂研究，包含初始坐标与最终输出的PDB文件及模拟输入压缩包，支持相关药物机制分析。 文件详解 PDB格式文件（共48个）： 初始坐标文件：如mpro-FD3-32_initial_coordinate.pdb、mpro-...
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酵母拓扑异构酶I与Rpc82相互作用数据集
数据集概述 该数据集围绕酵母拓扑异构酶I（Top1）与Rpc82的相互作用展开，包含分子结构预测模型、分子对接数据、模拟数据及说明文档，为研究两者的分子互作机制提供数据支持。 文件详解 README.txt:...
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BAZ2B与Zenobia片段库筛选的PanDDA分析交互式摘要数据集
数据集概述 本数据集为BAZ2B蛋白与Zenobia片段库筛选的PanDDA分析结果，提供交互式摘要页面。包含结构数据文件、图像文件、网页文件及相关脚本，支持对分子筛选结果的可视化与交互分析。 文件详解 交互式网页文件： 0_index.html：HTML格式，为数据集的交互式摘要入口页面，可点击访问完整分析内容...
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人源FBP21串联WW结构域与SmB_B_核心剪接蛋白富含脯氨酸配体的模拟复杂结构数据集
数据集概述 本数据集提供人源formin结合蛋白21（h-FBP21）串联WW结构域与天然结合伴侣SmB/B'核心剪接蛋白中富含脯氨酸序列形成的两种模拟复杂结构，包含平行和反平行结合取向及不同WW结构域相对定位。 文件详解 该数据集包含10个文件，具体说明如下： - 说明文档: - README: 无格式文件，提供数据集文件的详细说明。 - 结构文件...
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重组冠状病毒引起的猫传染性腹膜炎流行数据集
数据集概述 本数据集围绕重组冠状病毒引发的猫传染性腹膜炎流行展开，包含蛋白质结构预测、病例数据及病毒基因序列比对等相关文件，为研究该传染病的分子特征与流行情况提供数据支持。 文件详解 Protein structure predictions pdb files.zip: ZIP格式压缩包，可能包含猫传染性腹膜炎相关蛋白质结构预测的PDB文件...
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AlphaFold3抗体与纳米抗体基准测试数据集_更新版
数据集概述 该数据集为AlphaFold3模型提供抗体与纳米抗体的基准测试数据，包含格式化的晶体结构及AF3、Boltz-1、Chai-1预测结构的PDB文件，同时涵盖数据集元数据（如PDB ID、重链、轻链及抗原序列）。 文件详解 文件名称：revised_Compiled_Benchmark_Data.zip 文件格式：ZIP压缩包（.zip）...
