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MD_Based_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_1Mol_scaled_双层膜动力学完整数据
2025年12月21日 30 130 109
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜与1摩尔氯化钠的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用OPLS-AA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒。 文件详解 模拟核心文件：...
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嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺电场下硝酸盐截留增强分子动力学模拟数据集
2025年12月21日 30 112 44
数据集概述 本数据集包含用于研究嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺在电场下增强硝酸盐截留性能的分子动力学模拟数据及输入文件，涵盖平衡分子动力学（EMD）和非平衡分子动力学（NEMD）模拟的配置、力场和参数文件，支持复现相关研究结果。 文件详解 该数据集为压缩包格式，内部包含两个核心目录： - EMD/ 目录（平衡MD模拟，GROMACS软件）： -...
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鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制分子动力学模拟数据集
2025年12月19日 30 119 24
数据集概述 本数据集包含鱼藤酮与呼吸复合体I结合机制研究的分子动力学模拟快照及力场拓扑文件。核心内容为模拟得到的三种结合模式（ROT1、pre-redox、ROT2）的蛋白质-配体结构，以及GROMACS格式的鱼藤酮及其衍生物的力场参数文件，为相关分子机制研究提供数据支持。 文件详解 分子模拟快照文件（位于configurations/目录下）:...
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SND3膜插入酶分子动力学模拟数据集
2025年12月19日 30 169 115
数据集概述 本数据集包含研究论文“SND3 is the membrane insertase within a distinct SEC61 translocon complex”相关的分子动力学模拟文件，涵盖原子级和粗粒化模拟的参数、配置及分析代码，支持复现研究中的计算与可视化结果。 文件详解 文件名称:...
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人参皂苷F1生产相关多功能糖苷酶分子模拟数据集
2025年12月16日 30 185 99
数据集概述 该数据集包含人参皂苷F1生产相关的分子对接及动力学模拟数据，针对野生型β-葡萄糖苷酶BgDU及其DUase突变体与底物NG-R1、G-Rg1的结合动态及构象变化，开展了四组独立模拟研究，为糖苷酶结构工程改造提供数据支持。 文件详解 数据集包含四个核心文件夹，具体说明如下： - Docking Structure文件夹： -...
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DPPC_Berger_OPLS06_Based_盐环境下DPPC双层膜分子动力学完整数据
2025年12月14日 30 180 56
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟时长120纳秒，分析了最后60纳秒的数据，为研究DPPC膜在盐环境中的结构与动力学提供支持。 文件详解 模拟配置与力场文件：...
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DMPC双分子层Gromos_53A6_Berger脂质200纳秒模拟数据集
2025年12月14日 30 205 99
数据集概述 本数据集包含DMPC双分子层的200纳秒分子动力学模拟数据，采用Gromos 53A6力场与Berger脂质参数构建，系统含128个DMPC脂质与3655个SPC水分子，共16853个原子，模拟前已平衡52纳秒，提供脂质面积与厚度分析结果。 文件详解 模拟配置与参数文件： dmpc.itp：ITP格式，脂质拓扑参数文件 npt-...
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DMPC和DMTAP脂质及其混合物的构型与参数数据集
2025年12月13日 30 180 140
数据集概述 本数据集包含在五十摄氏度下，阳离子型（电荷：正一）DMTAP脂质、DMPC脂质、水及中和离子（必要时）组成的不同系统的构型与参数，覆盖纯DMPC及六种DMTAP比例的混合体系。 文件详解 脂质构型文件（PDB格式）：共十一个，对应不同DMTAP比例的脂质系统，包含脂质、水和中和离子的原子坐标...
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Peter_Tieleman_DPPC_Berger_NaCl_Based_1molNaCl下DPPC双层膜MD模拟完整数据
2025年12月6日 30 85 24
数据集概述 该数据集包含1摩尔氯化钠（NaCl）环境下完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Berger-DPPC-98力场和Gromos离子力场，模拟条件为323K、72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对Na/Cl离子，轨迹时长120纳秒，分析使用最后60纳秒数据。 文件详解 分子动力学参数与拓扑文件：...
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DPPC_Berger_NaCl_scaled分子动力学模拟数据集
2025年12月6日 30 76 73
数据集概述 该数据集包含150mM氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件。使用Peter Tieleman提供的Berger-DPPC-98力场与Gromacs...
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Gromacs_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_Based_盐溶液中DPPC双层膜120ns模拟完整数据
2025年12月6日 30 176 137
数据集概述 本数据集包含150mM NaCl溶液中完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用Berger-DPPC-06力场与Gromacs 4.6.7生成，离子电荷缩放系数为0.7，提供120ns模拟数据及后60ns分析结果。 文件详解 模拟轨迹文件: md.xtc: 轨迹文件，存储120ns模拟的原子坐标信息...
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PeterTielemanLab_DPPC_Berger_NaCl_1Mol_Based_盐环境下DPPC双层膜动力学完整数据
2025年12月6日 30 154 81
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于Berger-DPPC-98力场和Gromacs 5.0.4软件生成，离子电荷缩放系数为0.7，模拟时长120纳秒。 文件详解 分子动力学模拟文件： md.gro：GROMACS结构文件，存储模拟系统的原子坐标与拓扑信息...
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小Boc保护赖氨酸环肽的阴离子复合物溶液数据集
2025年11月29日 30 64 20
数据集概述 本数据集记录了含Boc保护侧链的四、五、六元赖氨酸环肽与多种阴离子（氯、溴、碘、硝酸根等）在乙腈（MeCN）和二甲亚砜（DMSO）中的结合特性，包含ITC滴定、NMR测试及分子动力学模拟等实验数据，为研究环肽阴离子受体设计提供支持。 文件详解 该数据集按溶剂分类存储实验数据，具体说明如下： - DMSO溶剂实验数据（位于DMSO/目录下）：...
