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霍布尔等人蜘蛛系统发育研究补充材料2_2018
数据集概述 该数据集为霍布尔等人2018年发表的幽灵蛛科（Pholcidae）系统发育研究的补充材料2，包含基于RAxML推断的全类群最大似然树（图S2）及支持值说明，用于支撑论文中分子数据的系统发育关系分析。 文件详解 文件名称: oo_234250.pdf 文件格式: PDF 内容说明:...
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Ardissoneaceae修订研究补充材料5
数据集概述 本数据集为Ardissoneaceae修订研究的补充材料5，包含基于3基因数据集的RAxML最大似然分析分子系统发育树图（图S3），支持对该科分类修订及新属新种描述的研究。 文件详解 文件名称: oo_746754.pdf 文件格式: PDF 文件内容: 包含图S3，展示3基因数据集RAxML最大似然分析的分子系统发育树结果 数据来源...
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南青冈属分子分歧时间校准影响测试数据集
数据集概述 本数据集围绕南青冈属（Nothofagus）分子分歧时间校准展开研究，测试了八种校准场景的影响，涉及38个化石类群的系统发育位置与地质年代学分析，以及基于叶绿体和核基因组序列数据的分子定年结果，为植物分子定年校准策略研究提供数据支持。 文件详解 该数据集包含四个独立文件，具体说明如下： -...
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地松鼠快速辐射类群系统发育分辨率研究数据集
数据集概述 本数据集围绕旱獭族地松鼠快速辐射类群的系统发育分辨率展开，通过3950余个超保守元件（UCE）位点，评估4种不同推断方法（RAxML、ASTRAL、NJst、SVDquartets）对系统发育估计的敏感性，以及不同过滤场景下的拓扑结构和支持度差异。 文件详解 文档与说明文件: README.txt:...
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蛇尾纲高级分类系统重建的广域系统基因组学数据集
数据集概述 本数据集基于广域系统基因组学方法，重建现存蛇尾纲（Ophiuroidea）的高级分类系统。通过外显子捕获技术从576个物种的博物馆标本中获取基因序列，构建系统发育树，并据此修订分类体系，包含分类修订方案、系统发育树、分布数据及补充图表等13个相关文件。 文件详解 说明文档与分类修订：...
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智利阿塔卡马沙漠Tillandsia_landbeckii进化时间线数据集
数据集概述 本数据集围绕智利阿塔卡马沙漠特有植物Tillandsia landbeckii的进化时间线展开，包含基于全质体DNA序列数据的系统发育分析文件，涉及物种分化时间及与近缘种的遗传接触研究。 文件详解...
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蜘蛛科林蛛科全证据系统发育分析补充文件包
数据集概述 本数据集为林蛛科（Linyphiidae）全证据系统发育分析的补充文件包，包含基因序列、表型矩阵、系统发育树等核心数据文件，支持Silva-Moreira等人相关研究的复现与扩展分析。 文件详解 该数据集包含69个文件，按类型分类说明如下： -...
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鸟类系统发育基因组数据类型与分类单元采样影响研究数据集
数据集概述 本数据集围绕鸟类系统发育基因组学研究展开，聚焦新鸟亚纲早期分化节点的系统发育树冲突问题，通过构建含90%非编码序列的235种鸟类数据矩阵，对比分析数据类型、分类单元数量及位点数量对系统发育树拓扑结构的影响，揭示数据类型为导致树结构不一致的关键因素。 文件详解 压缩文件（.gz格式）：...
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太平洋西北地区地下特有潜水甲虫系统发育定位补充材料1
数据集概述 该数据集为太平洋西北地区地下特有潜水甲虫（Stygoporus oregonensis）系统发育定位研究的补充材料1，包含单基因数据集的最大似然树图表及说明，用于支持相关系统发育分析结果。 文件详解 文件名称: oo_111151.pdf 文件格式: PDF 文件内容: 包含图1（Figure...
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隆头鱼亚目咽颌进化系统发育与功能评估数据集
数据集概述 本数据集围绕鲈形目隆头鱼亚目咽颌（pharyngognathy）这一关键演化创新展开，包含基于188种棘鳍鱼类10个核基因座的系统发育分析结果，以及咽颌功能形态学调查数据，旨在探究咽颌的演化历史与多样化机制。 文件详解 文件名称：labroidALL.nex 文件格式：NEXUS（.nex）...
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伪熊蜂基因树估计误差与超保守元件实证研究数据集
数据集概述 本数据集围绕伪熊蜂属（Pseudapis）的基因树估计误差展开实证研究，对比PhyloBayes、MrBayes、IQ-Tree和RAxML四种方法在超保守元件（>800个）分析中的表现，评估其对物种树构建的影响，为基因树估计提供实践指导。 文件详解 文件名称: readme.txt，格式: TXT，内容:...
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鬣蜥类蜥蜴超保守元件与形态学数据联合证据分析数据集
数据集概述 本数据集围绕鬣蜥类蜥蜴的系统发育研究，整合超保守元件（UCE）基因组数据与形态学数据进行联合证据分析。包含多种加权条件下的最大似然法、贝叶斯分析结果及相关图表，探讨不同数据权重对系统发育树的影响，为基因组与形态学数据整合分析提供实证参考。 文件详解 文档与说明文件：...
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鳟鱼取食形态快速适应高山湖泊环境数据集
数据集概述 本数据集包含美国怀俄明州风河山脉高山湖泊中鳟鱼取食形态（如鳃耙特征）、遗传数据、湖泊环境变量及相关分析脚本，用于验证鳟鱼因捕食驱动的浮游动物群落变化而快速适应的生态进化过程。 文件详解 该数据集包含数据文件、分析脚本、文档等多种类型文件，具体说明如下： - 数据文件： -...
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新型捕食性全动物类系统发育与双组分信号系统祖先数据集
数据集概述 本数据集包含三种新型捕食性单细胞全动物类（Pigoraptor vietnamica、Pigoraptor chileana、Syssomonas multiformis）的形态学与转录组测序数据，涉及系统发育分析、基因功能研究及双组分信号系统演化等内容，为动物起源相关研究提供支持。 文件详解 系统发育分析文件:...
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东太平洋深渊矿区蛇尾类生物多样性数据集
数据集概述 本数据集聚焦东太平洋克拉里昂-克利珀顿断裂带（CCZ）和秘鲁海盆的蛇尾类（ brittle-stars）生物多样性研究，通过DNA序列分析揭示深渊蛇尾类的系统发育多样性，包括至少三个未知的古老进化支系，为深海矿区环境管理和生物多样性评估提供科学数据支持。 文件详解 说明文档:...
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澳大利亚蜥蜴基因树不确定性与物种树推断数据集
数据集概述 该数据集围绕澳大利亚蜥蜴属（Cryptoblepharus）的系统发育研究，通过筛选约2000个外显子基因座，分析基因树分辨率对基于合并模型的物种树推断的影响，探索拓扑结构和支持度变化，为基因组数据的系统发育分析方法优化提供依据。 文件详解 压缩文件（.gz格式）：...
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多基因座物种树估计方法评估数据集
数据集概述 本数据集围绕多基因座物种树估计方法评估展开，包含基因树、序列数据、模拟与生物数据压缩包及说明文档，用于研究不完全谱系分选（ILS）对物种树准确性的影响，对比MP-EST、串联法等方法的性能。 文件详解 文件名称: README_for_sequencedata.alignments：文本文件，提供序列数据相关说明 文件名称:...
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鳉形目鱼类系统发育关系锚定杂交富集数据研究数据集
数据集概述 本数据集围绕鳉形目（Cyprinodontoidea）鱼类的系统发育关系展开，通过锚定杂交富集技术获取数据，包含16个科107个类群的遗传信息，涉及序列比对、系统发育树构建及统计分析结果，为该类群进化关系研究提供支持。 文件详解 序列比对与预处理文件：...
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蜘蛛系统发育研究补充材料3
数据集概述 本数据集为蜘蛛系统发育研究的补充材料，包含经RogueNaRok方法处理的最大似然树（RAxML）文件，标注有支持值，用于呈现排除干扰分类群后的简化分类群系统发育关系。 文件详解 文件名称: oo_234251.pdf 文件格式: PDF 文件内容:...
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系统发育组学超级矩阵推断的系统发育平台感知数据结构附录
数据集概述 本数据集是关于系统发育组学研究的附录文件，内容围绕“系统发育平台感知（PTA）数据结构”展开，该结构用于在分区模型下高效分析超级矩阵，可利用数据缺失情况下的（部分）平台和诱导分区树节省计算时间，提升系统发育推断效率。 文件详解 文件名称: Online-Appendix-Chernomor_et_al.pdf 文件格式: PDF...
